Pagaidām muzeja krājumā esošie ar jūrniecības un zvejniecības vēsturi saistītie lietiskie muzeja priekšmeti, jūrniecības tēmai veltītais zinātniskais un personu lietu arhīvs, literatūra, fotogrāfijas, plašākam apmeklētāju lokam nav pieejami, tomēr šis krājums ir nozīmīga avotu bāze pētniekiem un citiem interesentiem pētniecisko darbu izstrādei.
Zinātnisko izrakstu kartotēkā ir iespējams atrast ziņas par kuģniecību, zvejniecību Latvijā un Liepājas novadā no vissenākajiem laikiem līdz mūsdienām, par Liepājas ostas vēsturi un attīstību, valsts jūras zvejas pārvaldi, zvejnieku kopsaimniecību „Boļševiks" („Kursa"), kā arī daudzas citas interesantas liecības attiecināmas uz Liepājas kuģniecības un jūrniecības vēsturi.
Personu lietu arhīvā glabājas ar Liepāju saistītu jūrnieku, kapteiņu, zvejnieku, ūdenslīdēju fotogrāfijas, dažādi dokumenti – izziņas, diplomi, apliecības, no jūras braucieniem atvestas piemiņas lietas, piemēram, no tālās Ķīnas atceļojis laikraksta „The Shanghai Sunday Times" 1935.g. izdevums, no Ēģiptes – ar faraonu attēlojumiem izgreznots austs audekla gabals.
Dažu jūrnieku lietās var atrast pierakstu burtnīcas ar vecām jūrnieku dziesmām un ilgo jūras ceļojumu laikā tapušos dzejoļus dzimtenē palikušajām mīļotajām dāmām un līgavām.
Ievērības cienīga ir arī plašā fotogrāfiju un foto negatīvu kolekcija, kas sagrupēta lietās attiecīgi pēc tematikas, piemēram, fotogrāfijas par Karostu, Latvijas tirdzniecības floti, Liepājas ostu, Latvijas jūras kara floti, kuģu būvi un zvejniecību Liepājā un tās rajonā – Pāvilostā, Papē, Nīcā u.c., kopumā vairāk kā 30 dažādas tematikas lietas ar vairākiem simtiem fotogrāfiju.
Krājumā glabājas arī Liepājas Jūrskolas (Navigācijas skolas) arhīvs (līdz 1940.g.), Liepājas jūrniecības koledžas arhīvs un pašlaik tiek apkopots Liepājas muzeja ilggadējā speciālista un bijušā kuģniecības muzeja vadītāja Jura Kriķa zinātnisko darbu arhīvs.
Unikāla ir jūrniecības tematikai veltīta literatūra, piemēram, retie 18.gadsimta (1760.g.) Anglijā izveidotā „Loids kuģa reģistrs" (Lloyd's register of shiping) izdevumi, kas sākot ar 1834.gadu izdeva kuģu reģistrācijas grāmatas, kurās doti visu pasaules kuģu tehniskie dati.
Neskatoties uz jūrniecības muzeja trūkumu notiek aktīvs darbs krājuma papildināšanā un saglabāšanā. Tāpēc Liepājas muzejs aicina liepājniekus līdzdarboties šajā procesā – dāvinot muzejam fotogrāfijas, zvejniecības vai kuģniecības priekšmetus, kuriem muzejā tiktu nodrošināti atbilstoši uzglabāšanas apstākļi, sniegt ziņas par Liepājas jūrniekiem, zvejniekiem, un kopīgiem spēkiem celt Liepājas jūrniecības „gaismas pili".
Pēc iepriekšējas saskaņošanas pieteikt savu apmeklējumu pētniecības darbu izstrādei vai veikt dāvinājumu muzejam var pa telefonu - 26996630 (Kristīne Skrīvere).
Liepāja ir viena no trim lielākajām un senākajām Latvijas ostas pilsētām ar bagātīgu vēsturi. Pirmo ostas izbūves projektu 1697.gada augustā apstiprināja Polijas karalis Sigismunds Augusts un tā paša gada 3.oktobrī sākās ostas izbūve, iedzenot pirmo pāli tagadējā Tirdzniecības kanāla rajonā.
Liepājā ir bijuši vairāki mēģinājumi parādīt Liepājas ostas vēsturi. Savulaik Liepājas muzejs ostas vēsturei veltītu ekspozīciju bija izveidojis tā sauktajā Pētera I namiņā Kungu ielā 24/ Bāriņu 32, kas tolaik atradās Liepājas muzeja apsaimniekošanā, bet pēc ēkas denacionalizācijas 20. gadsimta deviņdesmitojos gados, ekspozīcija par Liepājas zvejniecības un kuģniecības vēsturi tapa Hikes ielā 9. 2005. gadā apmeklētājiem tika slēgta arī muzeja nodaļa „Zvejniecības un kuģniecības vēsture" Hikes ielā 9, kurai nesakārtoto īpašuma attiecību dēļ nācās atstāt šīs telpas.